Het Schoonste Strand van Nederland werd vanaf 2006 uitgevoerd door Nederland Schoon en is na een aantal jaar in overleg ondergebracht bij de Green Deal Schone Stranden dat onderdeel is van Rijkswaterstaat. Green Deal Schone stranden is in 2021 opgevolgd door het programma Schone Stranden. Hoofddoel van het programma is om bij te dragen aan structureel schone(re) stranden in Nederland.

De inspecties voor meting van de schone stranden wordt uitgevoerd door Strand Nederland in opdracht van Rijkswaterstaat. De verkiezing voor het Beste Strandpaviljoen van Nederland en het Schoonste Strand van Nederland wordt georganiseerd door Strand Nederland in samenwerking met de onderstaande partijen.